Os programas do Linux são diferentes dos programas do Windows. Acho que essa é a primeira coisa que tem que entender.
Não dá para instalar nenhum .exe no Linux.
O jeito de instalar programas no Linux é diferente. Isso é bem explicado no link que o pintinho falou.
Quando estava começando a usar o Linux a minha principal dificuldade era ter que abrir mão dos programas que estava acostumado no Windows e não tinha para o Linux. Mas com o tempo achamos programas equivalentes. O que me ajudou a ficar no Linux é saber que aquele programa que estou usando é de todos e não de alguns.
A maioria (bom, pelo menos atualmente) dos programas são feitos SÓ para Windows, portanto terá que procurar um programa que faça a mesma coisa, só que para Linux. Um exemplo de programa famoso só para Windows é o Winamp. Um exemplo de programa famoso que roda nos dois é o Firefox.
Tem um programa chamado Wine que usamos para rodar programas .exe no Linux, mas isso só é usado em último caso e só funciona para alguns programas.
Assim como no Windows terá que estudar como mexer no Linux. Está cheio de material na internet. Te recomendo a parte de Introdução para Iniciantes desse site:
http://www.guiaubuntupt.org/wiki/index.php?title=Lista_completaBoa leitura.