Se vc (como eu) não sabe, tem dúvidas ou medo de errar ao configurar partições, seja fat, ntfs, ext3... Este programa é a solução:
Disck Manager em
http://flomertens.free.fr/disk-manager/index.html (pode baixar a versão do feisty que funciona no gutsy)
Pelo que li, este programa virá como default na próxima versão do Ubuntu. É uma mão na roda. Ele detecta e configura automaticamente as partições. E se fizer alguma alteração, ele reconhece ao iniciar o sistema. Melhor e mais fácil, impossível!