o que eu fiz foi criar um icone na barra do gnome com a linha de comando 'gksudo sync', e clico neste botão toda a vez que transfiro ficheiros minimamente importantes, e sempre antes de ejectar (já que se transferirmos dezenas ou centenas de milhar de ficheiros, o processo do eject pode demorar uma eternidade, fazendo-nos pensar que o sistema crashou (e fazer recordar velhas e más lembranças do windows...) ou coisa parecida)