Os temas que escurecem o painel do Gnome costumam apresentar o problema verificado na imagem que vc. postou, onde a janela se parece com vários painéis escuros, um acima do outro.
Na verdade, não conheço um tema escuro que não bagunce as janelas do próprio Gnome, sendo que alguns também bagunçam janelas de programas, especialmente as do Firefox.
Trata-se, então, de uma questão de "custo-benefício", ou seja, é preciso escolher se vale a pena conviver com as dificuldades para desfrutar de um visual que nos agrade mais do que o padrão do Gnome.