Agradeço as respostas.
O que eu queria mesmo (caso ideal) seria alguma forma de poder linkar meu programa com o gnuplot para possibilitar o uso do poder do gnuplot a partir do meu programa sem "apelar" para a função system. No entanto, o que encontrei até agora de interface entre C/C++ e o gnuplot foi usando a função system (para executar um comando do sistema, no caso o gnuplot).
Encontrei uma interface entre C++ e o gnuplot bem trabalhada nesse estilo, mas não consegui compilar. Ela usa a função _popen que não foi encontrada. Pelo que entendi o _popen cria um fork rodando o gnuplot e os comandos são enviados para o gnuplot através de pipes.
Quantos aos links, o do Viva o Linux não fala de uma interface entre C e o gnuplot, mas sim de uma maneira de renderizer o gráfico gerado pelo gnuplot com o povray (o que é bem interessante para obter gráficos mais bonitos) e o programa exemplo que ele coloca em C é apenas para gerar os dados para serem usados pelo gnuplot. Os outros links são pessoas com +- a mesma dúvida que eu.
Com o gnuplot já sendo tão poderoso e completo como é, eu esperava que existisse uma biblioteca dele (algo como libgnuplot) que eu pudesse usar em meu programa ao invés de usar o "programa gnuplot", mas estou achando que o único jeito vai ser usando system mesmo (ou então pipes, mas não sei nada sobre pipes).
Dessa forma vou tentar a abordagem de gerar o script para o gnuplot e mandar ele executar o script a partir do C++ usando a função system.