Ewandro, Estava aqui no trabalho testando os dois, e a maneira mais fácil que eu achei para passar de um para o outro (os emails) foi mandar para o servidor IMAP as mensagens por um e transferir para o outro. Não achei outra forma.
Não sei se no evolution dá para gravar a mensagem como eml, seria uma opção.
procure na internet se tem alguma ferramenta para isso.