Senhores, os 2 tópicos citados contêm enganos e erros conceituais. Todos os sistemas de arquivos (SA) implementados no Windows (FAT, NTFS) e Linux (Ext2|3, Reiserfs, XFS, JFS) fragmentam - alguns mais, outros menos.
O SA FAT fragmenta muito por ser um sistema inicialmente projetado para disquetes, e que foi adaptado para discos rígidos, sendo modificado (remendado) várias vezes para suportar o aumento da capacidade das mídias de armazenamento.
O NTFS fragmenta menos (é um SA que eu conheço pouco, então não vou tecer mais comentários).
O Ext2|3 e o Reiserfs fragmentam bastante em comparação com o XFS e o JFS. Os 2 primeiros usam alocação por blocos (a partir da utilização de mapas de bits que indicam os blocos disponíveis para gravação), enquanto os 2 últimos usam alocação por extensões (grupos de blocos contíguos são listados em estruturas chamadas árvores - as quais são balanceadas e ordenadas, e os SAs escolhem quais grupos usar, em função do arquivo a ser gravado, diminuindo - mas não eliminando - as possibilidades de fragmentação).
O Ext2|3 possuía uma ferramenta de desfragmentação, que foi abandonada. O Reiserfs v.3 não possui ferramenta para tal. Quando necessário, deve-se fazer um backup, reformatar o volume (partição ou unidade lógica), e restaurar o backup. O XFS possui uma ferramenta chamda xfs_fsr, que faz a desfragmentação. Não sei quanto ao JFS.