A solução de usar o MToolkit no lugar do XTollkit é gambiarra, e faz com que apareçam diversos bugs nos aplicativos. O certo seria instalar o JRE (ou JDK) 6 update 2. O que tem nos repositórios do Ubuntu é o update 0. Então tem que ir no site da Sun, baixar o .bin e instalar na unha, configurando os links e tudo mais. Fiz isso aqui e todos os aplicativos Java estão funcionando normalmente, inclusive o netbeans e o frostwire.
Ah, nos sites tem vários métodos de direcionar links para o Java Virtual Machine certo, porém o mais correto seria o uso da aplicação chamada update-alternatives (que já vem instalado no ubuntu), que gerencia os links que estão no path do sistema. Bom, isso é só uma dica, se quiser ir lá no bin e redirecionar os links na mão, também dá certo, só que assim se torna outra gambiarra.