Isso aconteceu comigo também, mas descobri que o motivo foi eu ter adicionado o repositório do wineHQ, que tem uma versão mais atual do wine. Mas aí desinstalei e forcei a instalação da versão 0.9.33, que é a que vem nos repositórios oficiais do Ubuntu. Junto com essa versão deve-se instalar a libwine. Só pra garantir, apague a pasta .wine no home, e depois digite:
winecfg
Automaticamente a pasta .wine é recriada, e toda a sua estrutura.
Uma outra dica muito boa é instalar o wine-doors, que ajuda na instalação de diversos programa windows!
Ateh!