Pelo terminal (console), vá até a pasta onde ele esta, mude suas permissões para permitir execução, e rode ele. É mais ou menos assim:
$ cd /pasta_do_arquivo
$ chmod 777 arquivo.bin
$ sudo ./arquivo.bin
Se o arquivo estiver na sua home use no primeiro comando: cd /home/SEU-USUÁRIO ou cd ~
Se o arquivo estiver no desktop use no primeiro comando: cd /home/SEU-USUÁRIO/Desktop ou cd ~/Desktop
Na segunda linha use: chmod 777 jdk-1_5_0_12-linux-i586.bin
Na terceira linha: sudo ./jdk-1_5_0_12-linux-i586.bin