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Da uma olhada se não tem ninguém roubando a memória por ai. Geralmente acontece isso comigo quando eu uso o WINE, CEDEGA ou CROSSOVER OFFICE pois eu fecho um programa mas na verdade ele fica rodando ainda em background. Se estiver travado pior ainda que ele vai consumindo cada vez mais RAM.
Algum programa travado no background pode deixar seu sistema totalmente lento. Ai a solução é achar o cara que está arrastando correntes e matar.
[]s