O problema acontece porque provavelmente o grub foi gravado no HD que não está setado na BIOS como boot. Primeiro é preciso saber como está a sequencia de boot de HDs na sua bios. Mande instalar o Ubuntu de novo e na ultima tela de instalação clique em Advanced, vai aparecer algo como (hd0), no lugar coloque como abaixo:
Primeiro HD a tentar o boot = (hd0)
Segundo HD a tentar o boot = (hd1)
É importante observar que em algumas BIOS só existe a opção de tentar o boot em um unico HD, então deixe o SATA como boot, e coloque (hd0).
Ou entao coloque sem ():
HD IDE Primary Master = hda
HD IDE Primary Slave = hdb
HD IDE Secundary Master = hdc
HD IDE Secundary Slave = hdd
HD SATA0 = sda
HD SATA1 = sdb
Sempre lembrando de saber qual HD está setado na bios para iniciar primeiro, e é nele que você deve mandar gravar a MBR, nessa opção advanced.
Pode ocorrer de o Grub ser gravado e ele iniciar, porém não conseguir carregar os sistemas. Neste caso a melhor opção é desligar o HD IDE e refazer tudo de novo. Ou então editar o arquivo /etc/boot/menu.lst, um pouco mais complicada.