No seu pendrive foi criada uma pasta .trash oculta. Quando voce apagou os arquivos eles foram para lá.
Entre em terminal e digite
sudo nautilus
Forneça a senha de root,
No Nautilus, vá em Media e clique no pendrive.
Tecle control+h para ver as pastas ocultas.
Localize as que tiverem .trash no nome e apague o conteúdo. (deixe o .trash)
Feche o Nautilus e o terminal.
Seu pen drive volta a ter a capacidade anterior.
Uma boa coisa é não mandar arquivos para lixeira quando usar pen drive.
Ilumine o arquivo e de shift+delete para apagar sem enviar para a lixeira.
[],s