arsolto,
Estes programas que você citou são de uso exclusivo do administrador (root). Muitas vezes, com esta história de sudo, a gente percebe que ao usar programas como o Synaptic ou o gerenciador de atualizações, na verdade estamos abrindo programas do root em nosso ambiente de simples usuários.
Assim, se você quiser que tais programas apareçam com o tema gtk2 e os ícones que você acabou de instalar no seu ambiente, terá então que instalá-los também na pasta do root. No meu Gnome, tenho alguns dos scripts do Nautilus instalados. Um deles é o root-nautilus-here, que abre o Nautilus do root na minha pasta pessoal. Basta então copiar os temas recém-instalados na pasta .themes (ou toda pasta .themes, o que acaba sendo mais prático) e colá-los no diretório do root. Se não tiver o root-nautilus-here disponivel, basta digitar no terminal sudo nautilus e será o Nautilus do root que aparecerá na sua área de trabalho. Faça então a operação de copia e cola.
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O Automatix instalava os scripts do Nautilus até a versão que eu usei, no Etch. Como desisti dele no Feisty, não posso dizer com certeza que ele mantém esta opção. De qualquer modo, para obter o root-nautilus-here - que é muito prático - basta ir ao site deste endereço e transferir o pacote nautilus-scripts.tar.gz. O conteúdo pode ser extraído diretamente na pasta nautilus-scripts, que você encontra no diretório .gnome2, ali mesmo na sua pasta pessoal. É evidente que eu não uso todos aqueles scripts, na verdade costumo manter apenas quatro, mas você pode ser mais ambicioso do que eu. Você verá os scripts ao clicar na sua área de trabalho com o botão direito do "rato".
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Se subestimei os seus conhecimentos, me "adescurpe", por favor. Anseio de ajudar. Boa sorte!