Eu também estou com problema nesse applet. Coloquei o beryl-manager para iniciar no logon. Ao iniciar, antes da barra do gnome aparecer o beryl-manager carrega para só depois a barra ser carregada e com isso o ícone do beryl não vem no tray.
Se eu digitar no terminal beryl-manager &, aí sim o ícone vem. Tem como recarregar isso?