Talvez, não sei ao certo pois nunca instalei o amule, mas ele pode ter uma pasta dentro do seu /home/usuario que seja a pasta de configuração dele. Para você visualizar é preciso está vendo os arquivos ocultos (CTRL + H ou Menu Ver >> Exibir arquivos ocultos) se a pasta
.amule, estiver lá, delete-a e a próxima vez que entrar no amule, ele vai pedir a configuração novamente, ae você aponta outra pasta!