brunovegan, muito legal sua sugestão.
Mais darei minha contribuição informando que eu particularmente faço de forma diferente este tipo de procedimento.
Eu não altero as permissões dos scripts de inciialização no /etc/init.d e sim edito o nome dos links simbólicos para estes arquivos no diretório correspondente ao nível de execução desejado, ou seja, nos /etc/rcX.d.
Explico, as vezes não é interessante desabilitar um processo de ser carregado em todos os níveis de execução, e da forma como você precede o processo cuja permissão foi alterado não será "levantado" para nenhum nível de execução, e você alterando apenas no diretório correspondente ao nível desejado, apenas para este nível de execução o processo não será carregado.
Como sabemos nos links simbólicos que chamam os scripts de incialização, a nomenclatura atende o seguinte requisito. Links começados com "S" (start) serão inicializados e os que começam com "K" (kill) serão finalizados, então eu simplesmente renomeio o link simbólico trocando o "S" por "K".
Ex.:
Para não iniciar o Samba junto ao runlevel 2 renomeie o arquivo /etc/rc2.d/SXXSamba para /etc/rc2.d/KXXSamba.
Darei uma olhada nos teus processos e verei se posso ajudar em algo.
T+
Arlei