ginho,
a um tempo atras tbem troquei de placa de video, porem a minha é uma ATI. Troquei uma PCIE X300 por uma X1600XT, mais como tinha ja configurado o drive proprietario da ATI em meu sistema e o mesmo é compativel com ambas placas não tive que fazer exatamente nada, a não ser espetar a nova placa no micro, liga-lo e sair usando.
Por acaso não seria esse meu caso semelhante ao seu?
De qquer forma vc pode executar o comando abaixo para reconfigurar seu X, mais não esqueça antes de fazer um backp do seu /etc/X11/xorg.conf pois esse comando ira editar diretamente este arquivo.
sudo dpkg-reconfigure xserver-xorg
T+
Arlei