O Mercury, por ser um aplicativo em java, não depende do KDE ou Gnome. Trata-se de uma plataforma distinta da QT ou GTK. Esse problema que você está tendo pode ter duas origens: se você estiver com o git instalado, desinstale-o. Após isso, em um terminal, digite:
sudo apt-get -f install
Isso acontece porque ao instalar o java pelo synaptic, a tela de terminal que se abre para confirmação da licença quase nunca funciona direito, obrigando o operador a cancelar a instalação. Caso não seja esse o problema, tente instalar o java novamente.
O outro problema é que o mercury que está na página do desenvolvedor para debian, não funciona direito no Ubuntu (não sei porque). Baixe a versão zipada, descompacte-o e execute o binário que estiver dentro da pasta descompactada que deverá funcionar. Boa sorte!