Dá pra fazer isso sim e não é uma gambiarra muito complicada (é só seguir as instruções). No site do amule tem como. Alias, dá uma olhadinha nele que tem algumas coisas interessantes.
Aqui tem dizendo como fazer isso para diversos navegadores diferentes
http://www.amule.org/wiki/index.php/Ed2k_links_handlingPrimeiro instala o pacote amule-utils. Ele vai instalar o programa ed2k que é necessário.
Depois segue as instruções no site do amule para o navegador que vc usa.
No caso do firefox, digita "about:config" na barra de endereços (sem aspas)
Clica com o botão direito na lista e seleciona "Nova Opção">>"Boolean"
Na janela que aparece digita network.protocol-handler.external.ed2k
Depois que vc clicar em ok vai aparecer perguntando se vc quer deixar essa nova entrada que vc criou como True ou como False (Vc criou uma entrada boleana né, duhh
). Escolhe True.
Clica novamente com o botão direito na lista e seleciona "Nova Opcão">>"String"
Na janela que aparece, digita network.protocol-handler.app.ed2k
Depois que clicar em ok vai aparecer outra janela na qual vc deve colocar o path completo para o programa ed2k. Se vc instalou o pacote amule-utils pelo synaptic ou apt então o path é
/usr/bin/ed2k
Depois é só reiniciar o firefox e deve estar funcionando.