Olá,
Em primeiro lugar, se deseja instalar programas no pendrive, deve escolher um pendrive grande, de 64 gigas por exemplo. Esqueça pendrive de 8 gigas.
Existem duas formas de fazer isto.
Use o criador de pendrive, ou o unetbootin, ou yumi, ou outro qualquer que possua "persistent mode"
Pegue o pendrive de 64 gigas, separe 10 gigas para o Ubuntu e o restante para modo persistente.
Com isto será possível guardar suas modificações de modo persistente ("permanente")
O outro modo é formatar o pendrive em ext4 e instalar o Ubuntu no pendrive como se fosse num HD. Grave o GRUB na partição do pendrive e você terá um pendrive com Ubuntu completo.
Bons estudos, e não esqueça de pesquisar aqui no forum pelo assunto, já que existem vários tópicos ensinando a fazer das duas formas que citei.
Abraços