Subir o sistema através de um live-iso (pendrive ou cdrom) e executar uma verificação no sistema de arquivos:
sudo e2fsck -C0 -p -f -v /dev/sdxn
no exemplo acima sdxn é apenas uma generalização, tem que adequar ao caso concreto, isto é, como o seu disco rígido é identificado no sistema, geralmente é sda mesmo, porém nem sempre, e também geralmente é a primeira partição, porém não necessariamente, então tem que ver como é realmente o seu sistema no caso concreto. O 'x' substitui pela concreta letra do disco respectivo e o 'n' pela concreta numeração da partição respectiva. Exemplo: sda1 ou sda2 ou sdb1, etc, veja como é o seu disco, geralmente é mesmo sda1, isso quando não tem Windows em dual boot e instalado antes, pois aí certamente não será, então tem que de fato ver qual é a partição ocupada pelo Linux e aplicar sobre ela.
Como ver o particionamento?
Use o comando
sudo fdisk -l
(sinal de hífen mais letra ele no final do comando acima)
Os discos necessariamente precisam estar desmontados, para que se possa fazer a verificação através do fsck.
Se aparecer a mensagem:
/dev/sdxn is mounted.
WARNING!!! The filesystem is mounted. If you continue you ***WILL***
cause ***SEVERE*** filesystem damage.
Então precisa desmontar antes de continuar.
Ou seja, estando no desktop do live-iso **não** click sobre os discos, pois se assim o fizer ocorrerá a montagem automática.