Vamos lá:
mostre aqui o comando que quer que inicie junto com o sistema e me diga também se usas o Ubuntu, Kubuntu, xubuntu, lubuntu
ou seja tenho que ter o comando aqui ou te dar apenas a vara e te ensinar a pescar, assim:
Se usas o KDE kubuntu abra o terminal e faça assim:
cd ~/.config/autostart <Enter>
Já na pasta "autostart" e também no terminal comande:
kate <nome_do_shell_script
No editor de textos avançados kate, coloque seu comando salve e feche o editor, não o terminal
Dê as permissões necessárias ao shell_script com:
sudo chmod +x <shell_script_que_você_criou>
Se for em ambientes como o Gnome, Unity e etc, abra o terminal e:
gedit ~/.profile
Neste arquivo não mexa em nada, apenas vá até a última linha, dê um enter para deixar uma linha em branco e adicione o seu comando lá
Espero ter sido útil de alguma forma.
T+