Pois é, mas tem coisas que simplesmente não funcionam direito no Wine. Eu vejo muita gente com problemas parecidos com o seu, quando precisa acessar alguma coisa via UNC.
Às vezes (muito raramente) consegue-se resolver o problema trabalhando com drives mapeados, mas é bem complicado.
A melhor solução, mesmo, seria adotar um cliente Linux nativo (mesmo que baseado em Java). Mas isso depende de vontade do desenvolvedor...