Já procurei aqui e não achei um jeito de resolver o problema do título, que recentemente ocorreu comigo. Esse problema ocorre quando o Windows é instalado após o Ubuntu, antes sozinho na máquina, é o relógio do Ubuntu já tinha sido configurado para usar UTC.
Notem que, se a instalação do Ubuntu ocorre quando o Windows já está instalado, o instalador avisa o usuário para não utilizar o UTC.
Indo ao que interessa, vou postar um jeito de resolver de vez o problema:
1) edite o arquivo /etc/default/rcS com o comando:
sudo gedit /etc/default/rcS
2) substitua, obviamente no arquivo acima, "UTC=yes" por "UTC=no";
3) salve o arquivo alterado.
Depois, é só acertar o relógio no Windows e os dois SO terão o mesmo horário.
Fui...