Pessoal consegui resolver o problema.
Depois de mexer um monte nas configurações do java acabei conseguido fazer funcionar("mexendo para aprender")
Mas a forma mais fácil que encontrei foi, executar o nautilus como root via terminal, e abrir as propriedades do arquivo através do nautilus permitindo a execução como programa, a escolha fica gravada no sistema.
Obrigado a todos! tópico resolvido.