Na verdade não é a mesma coisa. Devemos lembrar que isso não alterar somente o menu em si, mas também os controles da janela, maximizar, minimizar e fechar.
Se você tiver o costume de utilizar programas em modo janela o menu fica mais "próximo" ao cursor do mouse, e se utilizar junto com programas em tela cheia é possível fechar ou minimizar o programa de que está sem o foco, antigamente na parte superior sempre estaria o programa em foco, independente de ser tela cheia ou não.
Eu, por utilizar vários programas em modo janela, gostei muito da mudança.
EDIT:
De qualquer forma a Canonical agiu bem em dar a opção aos usuários, tem gente que realmente vai preferir "à moda antiga".