Vou partilhar o meu caso e veja se ajuda.
Quando usava criptografia na partição /home tive um problema que o sistema não ligava mais, fui para solução windows (reinstalar), no entanto, alguns aspectos foram fundamentais:
1º usei a mesma partição /home, mas não a formatei
2º o nome do usuário e a senha foram os mesmos da primeira instalação
Pronto, tudo em seu devido lugar sem problemas.
Obs: Só funcionou porque a minha partição /home fica separada da partição do sistema /