Você ainda tem o 12.04 instalado? Esses problemas costumam ser corrigidos em atualizações, podendo levar dias ou até meses.
Ou pode ser a questão de você estar utilizando o driver open source para a placa de vídeo (o que já vem com o Ubuntu), esse driver não vem com suporte à recursos 3D, e como o Unity utiliza bastante efeitos, sua placa está simulando esses recursos por software, ao invés de utilizar o próprio hardware. E isso faz com que esquente mesmo.
Volte ao 12.04 ou espere sair uma atualização dos drivers da AMD que corrija o problema que você teve.
E quando for instalar esses drivers, é preferível usar o "Drivers adicionais" disponível no próprio Ubuntu, pois ele vai procurar os drivers compatíveis com o kernel Linux que o Ubuntu está utilizando. Ao baixar direto pelo site, você corre o risco de ter incompatibilidades.