A instalação pelo Alternate é um pouco mais complicada do que a normal e não tem nada haver com o wubi.
Essa instalação é uma instalação direta no HD, onde você também pode instalar em dual boot com o seu outro sistema operacional, mas para isso você terá saber sobre particionamento, esta instalação é igual a do debian, é bem simples a aparencia.
Não terá problemas com travamento não, só não será uma instalação de 10 minutos é claro
Leia o artigo do link abaixo e terá uma noção de como é esse tipo de instalação
Instalando o Ubuntu pelo alternate CD