O comando começa com gksu (um equivalente do sudo pra programas gráficos), então é claro que vai pedir a senha.
Nunca usei, mas pelo nome acho que esse programa se conecta a bancos de dados, coisa que o seu usuário regular não tem acesso.
Dá pra eliminar a necessidade de digitar a senha alterando o sudoers, mas eu não faria.
----
Li a mensagem novamente e entendi de outra forma, você perguntou: "...mesmo iniciando como root, o aplicativo ainda pede a senha pra algumas tarefas, porque?" Se foi nesse sentido, eu acredito que é porque ele foi bem escrito, limitando a necessidade de acesso root ao que é realmente necessário, então a saída seria remover o "gksu" e usar com o seu usuário regular (digitando a senha quando necessário).