Existir existe, mas não da maneira como você está pensando.
Tem a ver mais com formatação do que com o lugar aonde está a partição.
Aonde você coloca a partição, importa para o Windows XP (e versões anteriores). O Vista eu não lembro se entra nessa história, mas, o 7, pode ser instalado em qualquer partição.
O Windows XP e anteriores devem estar na primeira partição do disco.
Existe um
tópico do
galactus que mostra como tirar o melhor proveito do esquema de partições e formatos.
Se você for usuário iniciante, não aconselho a faze-lo, mas, indico a leitura.
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Não tem diferença, na partição, porque não temos como dizer aonde está o cabeçote de leitura do disco, fora o fato de, uma vez posicionado, o tempo será o mesmo para procurar o arquivo numa partição ou na outra (salvo condições semelhantes de posicionamento de arquivo...)