A instalação limpa é a melhor opção e para evitar a necessidade de faze backup em futuras atualizações, particione o disco de maneira que tenha uma partição EXT4 reservada para a montagem da /home.
Assim, no futuro, em vez de fazer o backup será preciso apenas apagar as pastas de configuração ocultas na pasta do usuário (.algumacoisa), definir a /home como sendo a /home da nova instalação sem formatar e usar o mesmo nome de usuário.