Experimente acrescentar o parâmetro abaixo na linha de inicialização do sistema, o chamado 'menu do grub', que é a tela inicial do sistema, onde se faz a seleção de qual sistema será carregado. Para editar essa linha de inicialização acione a tecla "e".
reboot=b
Fica algo assim:
linux /boot/vmlinuz-2.6.35-28-generic root=UUID=3efb2b68-0828-486f-8175-c63373391fee ro splash
reboot=bEssa alteração só vale para a sessão, isto é, perde-se na próxima reinicialização do sistema.
Caso funcione, torne a mudança permanente alterando o arquivo /etc/default/grub
gedit /etc/default/grub
Nesse arquivo localize a linha abaixo (ou muito similar a isso) e lá acrescente o parâmetro.
Fica algo assim:
GRUB_CMDLINE_LINUX_DEFAULT="reboot=b quiet splash"
Para uma discussão e entendimento mais completo sobre o assunto, incluindo outras possibilidades de solução, consulte os seguintes posts:
[Resolvido] Travamento versão 11.04 ao desligar ou reniciar
http://ubuntuforum-br.org/index.php/topic,83031.0.htmlE ainda:
Ubuntu 11.04 64bits com dual boot não desliga [resolvido]
http://ubuntuforum-br.org/index.php/topic,85532.0.html