Ola
Partindo-se do princípio que o sistema Windows não reconhece nada do Sistema GNU/Linux (sequer o enxerga como sistema) e o sistema GNU/Linux não utiliza os drivers do Windows, esta possibilidade de "conflito" como cita é virtualmente impossivel.
Também, como cita, instalou o Ibuntu numa partição, ou seja separado do Windows ( não via wuby) em dual boot, este sintoma é realmente impossivel de acontecer.
Se puder descrever então, com um pouco mais de detalhes, facilitará ao forum indicar uma solução.
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