Recentemente fiz uma aplicação em Java com o NetBeans que acessava um banco sqlite.
Não sei se é a sua situação, mas no meu caso tive vários problemas relacionados a biblioteca que eu estava usando para acessar o sqlite, usei o sqljet, péssima biblioteca e eu não recomendaria para ninguém.
Enfim, como vc faz para acessar o banco? Vc para uma string com o caminho do arquivo ou o que?
Qual biblioteca vc está usando para isso?
Lembre-se: Usa coisa é você rodar a aplicação pelo netbeans, outra coisa é vc rodar na mão.