Olá Osmar-ba,
você não precisa dar o comando sudo su. Quando vc faz isso, seu terminal já está como super-usuário, observe que quando abre o terminal ele deve está assim root@FlaxPC:/home/osmar$, depois ele passou para root@FlaxPC:/home/osmar#, mudou de cifrão para jogo da velha. Resumindo, faça apenas sudo para operações que precisam de super-usuário, como apt-get update. E vc pode continuar atualizando através do Kpackagekit.
Aniceto