Olá yescalianti,
Não é um problema do Ubuntu, mas da sua conexão. O Ubuntu gera os pacotes de maneira mais agressiva que o Windows, por isso consegue ser de 5 a 10% mais rápido no download. No entanto, algumas infra-estruturas têm dificuldade em lidar com essa agressividade.
Não há "Programa" para corrigir isso; o que se pode fazer são algumas alterações no sistema, ou usar scripts de configuração para isso. Mas o melhor seria descobrir qual parte da sua infra --- roteador, modem, provedor --- não está "dando conta do recado".
Pra vc ver que não é o Ubuntu, eu mesmo, neste momento, estou usando o (K)Ubuntu 10.04, com as devidas atualizações, neste notebook onde batuco, e ao mesmo tempo que tenho quatro janelas do firefox abertas, cada uma com várias abas, também tenho o Amule aberto e transferindo. Junte a isso o micro dos meus filhos e o note da minha esposa, todos ligados e acessando a internet, e nenhum deles tem esse problema.