Não sei se ajuda, mas...
Por padrão, o sistema define a prioridade de HD para IDE e depois sata. Não sei como é sua instalação, mas aqui eu tenho três HDs (Mac, Ubuntu e Arquivos), sendo dois IDEs. Todas as vezes que instalei o Ubuntu e atualizei eu tive que mudar o endereço do grub, pois o mesmo era definido por padrão a ser instalado no primeiro HD IDE enquanto eu instalava no HD sata.
Como uso o Mac, acabei por definir o chameleon RC5 como gerenciador de boot (por ser gráfico e dinâmico) e para tanto instalo o grub na própria partição do sistema, o que nunca me deu dor de cabeça.