Vou arriscar uma opinião nessa thread, não tenho certeza se funciona, porém já fiz algo semelhante e funcionou.
Por primeiro, vamos conceituar a questão.
Se a opção é que absolutamente nada do Ubuntu, inclusive o Grub, deve ser gravado no HD interno, que corresponde ao disco C do Rwindows, então necessariamente a opção de por onde fazer o boot deverá ficar na BIOS e é aí que deve ser estipulada a ordem de boot.
As BIOS atuais estabelecem a ordem de boot, muitas vezes admitindo que se ordene até 4 unidades de possíves boot, permitindo para boot o uso de HD identificado como tipo USB, que possivelmente é o caso dessa Hd externa mencionada.
Assim sendo, o que fiz foi o seguinte:
No BIOS coloquei a seguinte ordem de boot:
1) First Boot Device: CDROM
2) Second Boot Device - USB-HDD
3) Third Boot Device - HDD-1 (o hd um, é o disco externo que se quer o Ubuntu)
4) Fourth Boot Device - HDD-0 (hd zero, este é o disco interno, o disco C do Rwindos)
A questão da ordem aí acima vai depender, concretamente, de como o BIOS particular do sistema enxerga a HD externa plugada.
Se enxerga como como HDD-1, então essa opção deverá ser colocada no item 3.
De toda forma, o disco interno, seja lá qual for a sua identificação pelo BIOS, deverá ser colocado sempre por último na lista.
A idéia acima é que se possa bootar por um Cd-Rom; se ausente esse, por um simples pendrive, quando conectado no sistema; se ausente esse, pelo HD externo, quando conectado no sistema, ausentes os três primeiros, então o boot se dará pelo disco interno.
Feita essa 'arrumação' no BIOS, é preparar para instalar o o Ubuntu no HD externo.
A primeira coisa a fazer, **antes da instalação**, é "matar" o HD interno (HDD-0) no momento da instalação, isto é, como se fisicamente o desligassemos do sistema, entretanto, isso não precisa ser feito de forma física, bastando ir na opção 'Main' do BIOS (cada sistema terá isso com um nome próprio), localizar o canal IDE Primary Master (ou equivalente) e setar como NONE, isto é, como se fosse inexistente. Note que, inobstante isso, a ordem de boot do BIOS permanece aquela acima mencionada.
Agora, com o HDD-0 tirado do ar, é instalar o Ubuntu no disco externo, como habitualmente se faz, pelo CD-Live (ou pendrivre equivalente), particionando como se queira, tanto faz que a partição NTFS venha antes ou depois no disco externo.
A fazer a instalação, sendo o HD externo, naquele momento, o único disponível no sistema, a gravação do Grub se dará exclusivamente na área de MBR desse disco externo, mas na prática quem fará a seleção de ordem de boot será a BIOS do computador.
Existe forma de deixar isso um pouco mais sofisticado, mais elegante, após a instalação, que é acrescentando no Grub, manualmente, uma ordem adequada, conforme se queira e ainda acrescentando uma entrada para o boot pelo Windows, porém, fiz isso apenas quando se estava no Grub-1, anterior, vez que agora, com o Grub-2, a forma de manipulação foi modificada (não existe mais o arquivo de texto onde se fazia isso em /boot/grub) e ainda não testei completamente as possibilidades, creio, porém, que ainda seja possível.
Nessa hipótese, acrescentando-se manualmente essas entradas no Grub após a instalação, mantida aquela ordem mencionada no BIOS, quando o HD externo estiver conectado, e somente quando estiver conectado, ainda aparecerá o menu do Grub com todas as entradas, possibilitando escolher por onde iniciar o boot. :-)
Creio que o primeiro passo é tentar essa possibilidade de 'arrumação' prévia do BIOS conforme mencionado e caso isso de fato seja possível e funcione no seu notebook, aí então podemos mais detalhadamente explorar a 'sofisticação' do registro do Grub, vez que são coisas independentes.
[]'s