Isso. Supondo que vc esteja criando o "logon.cmd" agora... vá ao "smb.conf" e adicione a linha:
logon script = logon.cmd
Esse arquivo vai ser localizado dentro do compartilhamento "[netlogon]", então vc precisa tê-lo definido. Esse compartilhamento precisa ter leitura pública, tanto no Samba quanto no Unix.
Esse arquivo pode ser um arquivo ".cmd" ou um ".bat", há muito poucas diferenças entre eles (se é que há alguma). Você pode inclusive testar o arquivo numa máquina já funcionando e depois só copiar pro lugar, pra ter a garantia de que tudo funciona.