Ola,
A meu ver, a melhor maneira, como cita, seria verificar o espaço em disco diponível para instalação.
Depois de verificado o espaço disponivel nas unidades, realizar um back up de tudo.
Ao final, escolher a unidade de disco que melhor lhe convier, reparticionar se não houverem espaços não particionados e instalar, pois para o GNU/Linux tanto faz se a partição é primária ou extendida, ou em qual hd ele vai ser instalado.
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