Eu tenho um Samsung e um Iomega, os dois com 500GB, e não tem problema. Foi só espetar na USB e sair usando. Não precisei formatar nem nada.
Ah, e também já usei um HD interno com 160 GB da Samsung que coloquei num case para acesso externo. O tirei do computador em que estava com Win XP, o coloquei no case e o Ubuntu o leu numa boa, sem qualquer problema.
Então, é bem pouco provável que você tenha problemas com este do qual você está falando.