O diretório "lost+found" é um diretório criado automaticamente na raiz de todo sistema de arquivos Ext (Ext2, Ext3, Ext4), que serve para a recuperação de arquivos perdidos por ocasião de alguma corrupção. Ele não pode ser apagado, e não atrapalha sua tarefa.
Você se lembra de ter ativado, na máquina antiga, criptografia no HD? Isso pode impedir que vc acesse os dados do HD em outros sistemas. Se foi assim, tente inverter a coisa: volte o HD antigo como master, e coloque o novo como slave. Dê boot em sua máquina assim, e copie os dados do antigo para o novo.