Na sua pasta $home, aperte
Ctrol + H, e entre na pasta .wine, siga os diretórios baixo:
cd .wine/drive_c/Arquivos\ de\ programas/
E delete a pasta do programa em questão.
Se você for mais "caprichoso" , também pode apagar as configurações deste programa no
regedit, do WINE.
Chamado com:
wine ~/.wine/drive_c/windows/regedit.exe
De um
Ctrol + F e busque pelo nome do aplicativo que quer remover, logo apague todos os arquivos possíveis.
Feito isto, o máximo que pode restar deste aplicativo é o atalho no meu Aplicações => Wine.