Há alguns dias postei este tópico com a esperança de encontrar alguém que soubesse como resolver o problema, pois para quem usa frequentemente números decimais embora não deixasse no prego incomodava bastante usar o mouse ou mesmo o teclado geral. Embora não seja bom no idioma inglês me parece que abriram até bug para este problema ( bug #664417 in gcalctool ). Mas como este maravilhoso sistema operacional sempre surpreende, encontrei uma maneira bastante simples para resolver o problema:
Vá em Sistema » Preferências » Teclado e na aba "Disposições" procure o botão "opções" em "numeric keypad delete key behaviour" encontrava-se em "Padrão", alterei para "Legacy com tecla vírgula". Espero que ajude a pessoas que usam a gcalctool.