Varias poderiam ser as causas:
Quantidade de programas abertos,
"peso" destes programas,
Sistema de 32 ou 64 bits,
Versão do Kernel,
Versão diferente do sistema,
Velocidade dos HD's,
Aceleração de vídeo, etc.
Como você não citou nada do que foi descrito acima, eu apostaria mais pelo "cheiro" que seriam placas de video de fabricantes diferentes, com diferentes ajustes e desempenhos.
Core Quad com 4Gb de RAM, deveria usar um sistema de 64 bits, e um Core 2 Duo com 3Gb deveria estar rodando um sistema de 32 bits o que também pode explicar a discrepância.
Visto o GNU/Linux ser um sistema altamente configurável ao contrario do Windows onde você aceita o sistema como ele vem para você, eu poderia sugerir pesquisar no forum e na net como configurar os seus dois sistemas para uma performance ótima, seja alterando o kernel ( aqui no forum tem o omnilash ), seja configurando um pouco mais as placas de video.
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