Eu sei que essa resposta chegou tarde, mas antes tarde do que nunca.
Eu encontrei um software muito bom para fazer fluxogramas, de fato ele é mais prático que o DIA e o Draw.
O nome dele é yED, basta clicar no endereço a seguir e fazer o download.
(
http://www.yworks.com/en/products_yed_about.html)
A plataforma dele é Java, portanto seria melhor ter a versão do Java mais recente instalado no seu computador.
Para fazer a instalação do software ( no meu caso que deu certo )
Abri o terminal em ( Aplicativos> Acessórios> Terminal )
arraste o arquivo baixado ( chamado de yEd-3.4.2.sh ) para o terminal e solte;
( aparecerá no terminal o endereço do arquivo no sistema );
Aperte enter;
Se tudo der certo a instalação vai começar.
Então basta escolher os endereços de instalação e usar esse software.
Eu estou no segundo dia de uso do yED e ele me atendeu muito bem. Espero que este post tenha ajudado.