Caro kimberto,
Tente o seguinte:
- quando estiver com a pasta do pendrive aberta, vá no menu Ver... Mostrar arquivos ocultos (ou simplesmente Ctrl+H);
- veja se não ficou alguma pasta oculta, caso positivo apague-a. O ubuntu usualmente cria uma espécie de lixeira própria para o dispositivo;
- caso contrário, instale o gparted e veja se não é o caso de formatar o pendrive.
Abraço.