Se você hoje tem alguma confiança no windows, faça instalação dual boot.
Assim você fica com o linux e o windows na mesma máquina, em partições diferentes.
Ou como você diz, através de uma máquina virtual também é possível instalar o windows.
Mas o desempenho vai realmente depender da configuração da sua máquina.
Quanto a segurança, além das especificidades de cada sistema operacional (linux e windows) utilitários de segurança são recomendados como um bom firewall (para linux recomendo o firestarter e para windows o zone alarm) e um bom anti-vírus (para linux recomendo o clamav e para windows o avast).
Quando você instalar o windows na máquina virtual será como se você tivesse um micro dedicado ao esse sistema e deverá contemplar (instalar) todos os recursos de segurança necessários.
Você pode muito bem pegar vírus no windows que está na máquina virtual e ter seu linux sem "infecção".
Outra coisa que vale à pena lembrar é sobre a questão de segurança oferecida pelas empresas de que somos usuários de seus serviços.
De que adianta sua máquina estar 100% segura se seu Banco, por exemplo, não possui recursos de segurança que te protejam.
De que adianta sua máquina estar 100% se o prórpio usuário se mostra imprudente em seu uso.
Opero com 3 Bancos via Linux e nunca tive problemas, nem de invasão e nem de vírus.
Em minha máquina virtual tem o xuxa park (xp) que minha esposa usa e lá o que rola de vírus...
Mas fazendo uso consciente e tendo as preocuapções mínimas como rodar um anti vírus e ter um firewall ajudam e muito.
Apesar de usar o firestarter como firewall no meu linux, uso o zone alarm no windows que está em minha máquina virtual, acho melhor pecar por excesso que por falta.